Salah satu virtue atau atribut positif karakter intelektual disebut dengan 'intellectual autonomy' atau tonomi intelektual. Atribut ini tidak dimasukkan dalam model yang dikembangkan oleh Philip Dow yang diperuntukkan bagi pembaca Kristen. Namun virtue ini cukup banyak disebut dalam referensi-referensi lain mengenai topik karakter intelektual. Kita tahu dalam aliran kekristenan liberal (kalau masih bisa disebut Kristen sama sekali), intelektual manusia dipandang otonom dan mampu memberikan penilaian kepada wahyu ilahi. Artinya, pikiran manusia bisa menetapkan kebenaran dalam Alkitab. Alkitab dipandang sebagai tulisan manusia, yang berisi kebenaran dan ketidak-benaran. Pikiran manusialah yang mampu menetapkan mana bagian-bagian yang benar. Ketika ada hal-hal yang tidak sesuai dengan pikiran manusia, seperti berbagai peristiwa mukjijat yang ditulis Alkitab, bagi mereka itu tidak benar, walau pun mungkin bisa ada nilai-nilai moral di dalam kisahnya. Dosa adalah manifestasi dari roh otonomi manusia yang ingin bebas dari kebergantungan kepada Sang Pencipta.
Sementara kelompok Kristen konservatif memandang wahyu ilahi bersifat bersifat otoratif dan mutlak. Sehingga apa yang diwahyukan dan pada akhirnya dituliskan dalam Alkitab adalah kebenaran – benar dalam kebenaran peristiwanya dan dalam pesan-pesan yang disampaikan. Dan untuk memahami justru sarana utama adalah pikiran manusia, yang berusaha menyelidiki, menganalisa dan menarik kesimpulan. Sementara manusia yang sudah jatuh dalam dosa, segala sesuatu dalam dirinya, termasuk pikirannya sudah dirusak oleh dosa. Bahkan sekali pun seseorang sudah mengalami pertobatan, natur dosa masih ada dalam dirinya, sampai pada waktunya Tuhan menyempurnakan pengudusan dalam diri mereka dan kemudian memberikan tubuh barunya.
Namun dalam konsep intelektual karakter, otonomi intelektual memiliki arti yang berbeda, yaitu karakter kemampuan dan kesediaan untuk berpikir dalam dirinya. Seseorang dengan karakter ini tidak bergantung banyak kepada orang lain dalam membentuk keyakinan-keyakinannya. Dia tidak sekedar menjadi penerima informasi dan gagasan-gagasan dari orang lain tapi mampu mencerna berbagai informasi itu dan membentuk pemikirannya sendiri.
Alkitab menekankan pentingnya hikmat, insight, visioning, perencanaan – semua adalah hasil dari pekerjaan pikiran manusia. Bahkan kita diminta membedakan ketidakbenaran dari kebenaran, dan menolak yang pertama. Untuk itu kita memerlukan pekerjaan pikiran yang bahkan perlu diterangi oleh Roh Allah sendiri.
Karena itu pemikiran manusia yang terbatas dan sudah dirasuki sifat dosa itu wajib tunduk kepada otoritas Firman. Banyak hal dalam Firman, dapat dipahami dengan mudah oleh pikiran dan bahkan dinikmati olehnya. Namun dalam keterbatasan manusia, banyak hal yang dikerjakan dan diberitakan oleh Sang Pencipta itu tidak bisa segera atau tidak pernah dipahami akal budi manusia.
Kita ingat dalam perintah utama mengasihi Allah, salah satu bagian dari manusia yang harus dikerahkan sepenuhnya adalah akal budinya – "Kasihilah Tuhan, Allahmu, dengan segenap hatimu dan dengan segenap jiwamu dan dengan segenap akal budimu dan dengan segenap kekuatanmu" (Markus 12:30). Bahkan Alkitab menyatakan peranan penting pikiran dalam perubahan total seorang percaya, karena pikiran berfungsi untuk mengawalinya – "Janganlah kamu menjadi serupa dengan dunia ini, tetapi berubahlah oleh pembaharuan budimu, sehingga kamu dapat membedakan manakah kehendak Allah: apa yang baik, yang berkenan kepada Allah dan yang sempurna." (Roma 12:2).
Seperti karakter-karakter intelektual lain, virtue otonomi intelektual ini berhubungan erat dengan sejumlah virtue intelektual yang lain. Satu kunci seseorang berpikir, sudah tentu memiliki keingintahuan intelektual yang dikembangkan dalam semangat, ketrampilan walaupun dalam keterbatasan-keterbatasan intelektual yang harus disadari. Dengan kecenderungan untuk menggunakan akal budinya dalam menghadapi berbagai isu dan persoalan, maka dalam diri seseorang akan terbangun kemampuan berpikir pribadi atau otonom itu.
Walau pun seseorang bisa berpikir independen, namun kemampuannya perlu didukung oleh kerendahan hati intelektual, yang menjadikan dia siap menerima informasi dan gagasan-gagasa baru. Tidak seorang pun yang tahu segalanya dan tidak akan pernah menjadi seperti itu. Hanya Tuhan yang Mahatahu. Namun pada akhirnya, dia bisa menarik kesimpulan yang siap diperbaiki dengan informasi-informasi yang berkembang. Dengan demikian, seseorang dengan karakter otonomi intelektual, perlu mengembangkan keterbukaan intelektual, yang siap mendengarkan pandangan-pandangan dari berbagai pihak dan sisi sebelum memutuskan pandangannya sendiri. Untuk mengambil sikap atau keputusan itu, dengan sendirinya maka keberanian intelektual seseorang perlu dikembangkan. Tuhan memberkati!
